まず、長岡は管内第2位の利用者がある駅だが、今回敢えて設置駅から外したのは、改札口が在来線・新幹線共用となっていること（新幹線へは、一旦在来線改札を経由してから新幹線改札を通らなければならない。新幹線の方は無論、自動化されているのだが）や、ここ近年の「エキナカ」の整備で、改札のある2階フロアは店舗が建て込んでしまって、改札口周辺が狭くなっているというような事が背景にあるのかもしれない。
いずれにしても長岡の場合、2階の改札周りをある程度改修する必要があるので、もう少し時間が掛かるかもしれない。改札の設置パターンは2通りあるが、どうするんだろうか？
（1）新幹線改札と在来線改札を分割して、更に構内には乗換改札を新設する。
（2）現在の改札配置を踏襲した形で改札機を設置する。ただ、引き続き改札を共用する場合、新幹線利用者は、まず手前の改札では乗車券だけを取り出して改札に通し、更に新幹線改札では特急券と乗車券を重ねて通す―という二度手間を強いられる事になってしまう。県内で言えば、新潟駅で万代口から新幹線に乗る時と同じ要領だが、目の前に改札があるのに、これでは面倒な気もする。

また、燕三条はある意味それより複雑だ。新幹線改札（こちらも無論自動）と弥彦線改札（早朝・夜間を除き、電車が発着する時だけ駅員が立つ）は全く別の場所にあるので、乗り換える場合は一旦改札を完全に出てしまわなければならない。故に相互間を乗り換えようと思っても、下手すりゃ改札を出る時にきっぷが吸い込まれちまうかもしれない、という問題もある（自動改札は、区間内のきっぷはすべて吸い込んでしまう。故に乗り越す場合は有人改札を通る必要がある）。

新幹線駅に入らなかった理由は何となく判る気がする。
既に首都圏同様（※）、県内でも通勤・通学の足として新幹線を利用する人が結構いるので、新幹線改札もいずれSuica対応にする必要に迫られる事になるだろう。その対応策云々（特に上記の燕三条のケースとか。今のままじゃ、運賃が二重払いになるかも知れない）を検討するとかで、後回しになったんじゃないだろうか。
※首都圏の東京～那須塩原・高崎間では、Suica定期を持っていれば新幹線にも乗車することができる。詳細や乗車ルールはここを参照。尚、普通のSuica（Suicaイオカード）では、新幹線は利用できない。

まあいずれにしても、長岡にもいずれ自動改札が入るだろうから、そう慌てなさんなって。
自動改札やSuicaの導入エリアがもっと広ければいいのに―という話はもう前にしちゃったので、今回は割愛。

過去ログ：新潟地区のSuicaサービス開始日は来年1/21（9/25）

JR新潟支社管内での自動改札対応駅が増える　－Daa's Memo
新潟支社自動改札化2nd phase　－夢現の漂流
自動改札摩訶不思議　－魚青ブログ
自動改札の追加　－Ｒａｃｅｘｐの大福帳